一、清算时收入和成本的税务处理？
根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）的相关规定，房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。根据上述规定，房地产开发企业将开发的商品房部分转为自用办公，该办公自用的房产成本费用不能在土地增值税清算时扣除。
二、清算后再转让房地产如何计算土地增值税？
根据国税发〔2006〕187号文件第八条规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积。
三、将未售转为自用或出租是应清算项目还是可清算项目？
根据山东省地税局2005年1号公告第十九条规定，符合下列条件之一的，房地产开发企业应进行土地增值税的清算。（一）房地产开发项目全部竣工、完成销售的；（二）整体转让未竣工决算房地产开发项目的；（三）直接转让土地使用权的；（四）纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的。
第二十条 对符合以下条件之一的，主管地税机关可要求房地产开发企业进行土地增值税清算。（一）已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的；（二）取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的。取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的，是指取得最后一份销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的情形。
通过以上两条规定可以看出，对应清算项目，文件第十九条第一款规定很明确：房地产开发项目全部竣工、完成销售的。而对于可清算项目，公告第二十条第一款规定：已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的。因此，对于开发商即使全部将未售部分房产转为自用或出租，也不应认定为“应清算项目”，应作为“可清算项目”来处理。
四、开发商土地增值清算后再销售已转为自用或出租的房产，是按旧房处理还是按新房处理？
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条规定第三款规定，土增值税的扣除项目：旧房及建筑物的评估价格。《土地增值税暂行条例实施细则》第七条第（四）款，旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。
财税字【1995】48号《总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》第七条规定，关于新建房与旧房的界定问题：新建房是指建成后未使用的房产。凡是已使用一定时间或达到一定磨损程度的房产均属旧房。使用时间和磨损程度标准可由各省、自治区、直辖市财政厅（局）和地方税务局具体规定。
根据省地税局视频会议政策答疑，关于新建房与旧房的界定问题，由各市地财政局和地税局根据当地实际情况具体规定。参考：（一）房地产开发企业纳税人建造商品房，已自用或出租使用年限在一年（满12个月）以上再出售的，为旧房，其转让适用旧房转让土地增值税政策。“自用或用于出租”是批同时满足下列条件：1、将开发产品转作开发企业固定资产的；2从自用或用于出租之日起连续使用年限一年以上（含）的。（二）非房地产开发企业自建房屋，使用超过2年（含）转让的为旧房。自建房使用时间超过2年，是指竣工验收时间至转让合同签订时间超过2年。（三）对单位和个人购买新房再转让的，不论其是否使用，均作为旧房。
财税字【1995】48号《总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》第十条，关于转让旧房如何确定扣除项目金额的问题：转让旧房的，应按房屋及建筑物的评估价格、取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用以及在转让环节缴纳的税金作为扣除项目金额计征土地增值税。对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，不允许扣除取得土地使用权所支付的金额。