不同税种核定征税的依据不同
A企业委托拍卖行拍卖自有房产一处，根据委托合同约定，竞投者须缴纳拍卖保证金6800万元，结果只有一家B公司参与拍卖并以底价1.3亿元竞买到此项房产。A企业的主管税务机关查询了该年度使用性质相同的房产交易档案材料，并与A企业委托拍卖的房产相比较，认定A公司以1.3亿元出售此项房产交易价格明显偏低，且无正当理由，核定A公司委托拍卖的房产交易价格为3.12亿元，并要求A企业按核定交易价格计算和补缴营业税。A企业认为虽然只有一人竞拍，但不违反《拍卖法》，交易合法有效，税务机关不应重新核定。双方产生争议，A企业不服，提起行政诉讼，一审、二审均败诉，目前该案已进入审判监督程序。
该案中双方争议的焦点在于税务机关是否应当认定A企业申报的计税依据明显偏低且无正当理由，并在拍卖价格之外核定应纳税额。为对这个问题作出判断，首先需要回溯《税收征收管理法》的相关规定。
一、《税收征收管理法》的相关规定解读
《税收征收管理法》第35条规定：“纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：……（六）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的”。因此税务机关不能仅以纳税人申报的计税依据明显偏低为由核定应纳税额，还需要判断纳税人有无正当理由。该条款隐含的意图是对税务机关滥用核定征收的限制，即只要纳税人提出正当理由，税务机关就不应对其采取核定征收。根据法条表述，在申报的计税依据明显偏低的情况下正当理由的举证责任属于纳税人，税务机关有判断纳税人的抗辩理由是否正当的权力。但是何谓“正当理由”，《税收征收管理法》及实施细则均未列举，因此税务机关有一定自由裁量空间。
二、不同税收类型中的“正当理由”辨析
（一）流转税
流转税的征税对象是生产流通领域纳税人销售特定产品或服务的销售额或增值额。而特定产品或服务的销售额或增值额只有在交易中才能确定。纳税人申报流转税时“计税依据明显偏低”是指出现与市场相同或近似商品或服务相比交易金额明显偏低。
对于“明显偏低”的交易价格，可以认为纳税人提出的以下理由是正当的：
1.纳税人可以证明价格虽然明显偏低，但仍是双方独立交易达成的结果，在交易中双方意思表示真实，未发生欺诈、胁迫、卖方重大误解等导致意思表示不真实的情况，也没有双方恶意串通等导致合同无效的情况。达成偏低的交易价格是因为卖方低估了商品的价值。如果买卖双方具有关联关系或其他利害关系，则不能认为是独立交易。例如，如果本案中A、B企业存在关联关系，则不能认为拍卖达成明显偏低价格是独立交易的结果。
2.虽然不是独立交易，但是有税法政策依据支持豁免纳税人的全部或部分义务。例如根据《财政部 国家税务总局关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》（财税〔2009〕111号），个人以离婚财产分割、赠与特定亲属、赠与抚养人或赡养人方式无偿赠与不动产、土地使用权，免征营业税。此类赠与中虽然交易价格为零，符合“价格明显偏低”的条件，也不是独立交易，但是税务机关无权核定交易价格。
（二）行为税
行为税的征税对象是特定行为所指向的标的财产价格。这个价格也是在交易中形成的，例如应税合同印花税的计税依据是合同金额，土地增值税的计税依据是根据交易价格减除成本费用后的增值额。因此，对于行为税计税依据明显偏低的，对纳税人提出理由是否正当的判断与流转税类似。
（三）财产税
财产税的征税对象是特定财产的价值，与流转税的计税基础——交易价格相比，特定财产的价值不受交易双方对交易财产价格估计的影响，如果交易价格明显背离财产价值，税务机关可以通过资产评估或与相同条件下其他类似商品比较等方式确定其计税依据。在历史成本或购置价格严重背离特定财产的公允价值时，纳税人不能再以独立交易作为正当理由。例如本案中B企业不能以双方属于独立交易为由以明显不合理的购入价计算缴纳房产税，因为房产税的计税依据不是交易价格，而是房产原值，根据《房产税暂行条例实施细则》第四条规定，如果房产所在地税务机关认为房产原值不实，可以参考同时期的同类房产核定。
在财产税征收过程中，纳税人提出的唯一可以被认为正当的理由是：征税财产的实际价值达不到税务部门认定的程度。例如本案中如果B企业收购的房产已经因为不堪使用或环境恶劣而减损了商业价值，则B企业可以此作为理由抗辩税务机关的核定征收结果。
（四）企业所得税
企业所得税的计税依据是企业的所得，即经济利益净流入。而交易价格明显偏低会影响卖方的销售收入，并间接影响卖方的应纳税所得额。但是对于买方而言，偏低的交易价格购进货物或服务，其计税基础也偏低，将来再销售结转成本或计提折旧、摊销时能够税前列支的金额小，因此总体上只是推迟而非减少了纳税义务。例如，本案中A企业以1.3亿元的低价转让房产，B企业购进后，此项房产也仅能以1.3亿元而非市场公允价值入账并计提折旧、摊销。因此A少承担的企业所得税纳税义务实际上转由B承担。由于交易价格偏低理论上不会对税收利益造成永久损害，企业所得税可以认可的合理理由的判断标准比流转税宽松的多，主要包括以下理由：
1.符合独立交易原则。关于这一理由的内涵，前文已述。实际上只要符合独立交易原则，税务机关即应当承认市场的有效性，不应核定计税依据。
2.适用特殊性税务处理。实践中许多资产或负债，尤其是房地产和无形资产，其账面价值与公允价值相比可能明显偏低，如果企业重组或资产划拨符合条件，则交易双方可以选择适用特殊性税务处理，即按照交易标的的账面价值而非公允价值转让并不确认损益。这一点与流转税不同，因为流转税并不存在特殊性税务处理，纳税人也不能以企业所得税适用特殊性税务处理作为流转税计税依据明显偏低的申辩理由。
3.实际税负相同的境内关联方之间的交易。根据《特别纳税调整实施办法（试行）》（国税发﹝2009﹞2号）第三十条规定，实际税负相同的境内关联方之间的交易，只要该交易没有直接或间接导致国家总体税收收入的减少，原则上不做转让定价调查、调整。因此即使发生在境内关联方的交易不具有独立交易的性质，只要税负相同，原则上税务机关不对交易价格进行调整。需要注意的是，在以下两种情况中该项理由不成立：（1）交易中有一方或一方以上位于境外；（2）交易各方的实际税负不相同，如一方是普通企业而另一方享受税率减免优惠，或一方盈利而另一方有可税前弥补的亏损。
4.具有合理商业目的。《企业所得税法》第四十七条规定：“企业实施其他不具有合理商业目的的安排而减少其应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整”。因此，如果企业能证明自己的行为具有合理商业目的，税务机关就不应调整。
三、结论
从《税收征收管理法》第35条的表述可以看出，在申报的计税依据明显偏低的情况下，证明存在正当理由的举证责任由纳税人承担，因此纳税人在提出申辩理由的同时还应当举证证明理由确实存在。所以，纳税人在交易中应当注意保存合同、付款凭证、发票、谈判记录等相关书证，以佐证申辩理由的真实性。
从税务机关的角度看，针对不同的税种，纳税人提出的理由是否正当不可一概而论。例如本案，A企业如果和B企业同属境内关联方，则税务机关可以不调整企业所得税计税依据，但是仍然可能调整流转税和财产税的计税依据。就其判断标准而言，财产税中的正当理由范围最窄，因为财产税的计税依据是财产的客观价值而非交易价格；流转税和行为税中的正当理由范围次之，需要纳税人证明交易具有独立性或交易虽不具有独立性但有法定的豁免理由；企业所得税的正当理由范围最为宽大。因此，税务机关在开展核定计税依据的实践中应当注意区分不同税种评价纳税人申辩理由的正当性。