一、关于房地产开发企业适用简易计税方法的对象问题
部分房地产企业对适用简易计税方法的对象存在疑惑,不清楚是以房地产项目为对象还是以整个纳税主体为对象。
房地产业按项目管理是基本原则,这是针对房地产行业特点专门作出的特殊政策安排,类似于货物增值税可以对部分产品选择适用简易或一般的计税方法,是对房地产行业实实在在的利好。遵循这一原则，房地产开发企业是否适用简易计税方法，并非取决于自己的身份,而是以房地产项目为对象的。举例来说，一个房地产开发企业有A、B两个项目，A项目适用简易计税方法并不影响B项目选择一般计税方法。这一原则对于建筑企业选择简易计税方法同样适用。
二、关于房地产开发企业土地价款扣除问题
部分房地产企业“一次拿地、一次开发”,按照项目中当期销售建筑面积与可供销售建筑面积的比例,计算可以扣除的土地价款，政策规定清晰;但如果房地产企业“一次拿地、分次开发”,如何扣除土地成本?可供销售建筑面积如何确定?
房地产企业分次开发的每一期都是作为单独项目进行核算的,这一操作模式与《房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法》中的“项目”口径一致，因而,对“一次拿地、分次开发”的情形,要分为两步走，第一步,要将一次性支付土地价款,按照土地面积在不同项目中进行划分固化;第二步,对单个房地产项目中所对应的土地价款，要按照该项目中当期销售建筑面积跟与可供销售建筑面积的占比，进行计算扣除。
三、关于房地产开发企业预收款开票问题
《营业税改征增值税试点实施办法》规定,房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目,应在收到预收款时按照3%的预征率预缴增值税。
营改增前,企业收到预收款后,开具由山东省地税局统一印制的收据，作为企业开具发票前收取预收款的结算凭证。该收据统一编号,管理上类似于发票,购房者持该收据可以到房管、公积金、金融等部门办理相关业务。
营改增后,为保证不影响购房者正常业务办理,允许房地产开发企业在收到预收款时,向购房者开具增值税普通发票,待正式交易完成时,对预收款时开具的增值税普通发票予以冲红，同时开具全额的增值税发票。
四、关于房地产开发企业跨县(市、区)预缴税款问题
目前出台的营改增政策中,对房地产开发企业销售跨县自行开发的房地产项目是否在不动产所在地预缴税款,并未进行相关规定。
本着不影响现有财政利益格局的原则,建议房地产开发企业在每个项目所在地均办理营业执照和税务登记，独立计算和缴纳税款;对于未在项目所在地办理税务登记的，参照销售不动产的税务办法进行处理，在不动产所在地按照5%进行预缴，在机构所在地进行纳税申报，并自行开具发票，对于不能自行开具增值税发票的，可向不动产所在地主管国税机关申请代开。
五、关于房地产开发企业自行开发产品出租有关问题
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税[2016]36 号)以及《国家税务总局关于发布<纳税人提供不动产经营租赁服务增值税征收管理暂行办法>》(国家税务总局公告2016 年第16 号)规定,房地产开发企业如果是小规模纳税人其出租不动产应适用简易计税方法；如果是一般纳税人,则要根据取得不动产的时间来判定,2016 年4 月30 日前取得的不动产属于“老”的不动产，可以选择适用简易计税方法;2016 年5 月1 日以后取得的不动产属于“新”的不动产，出租时适用的是一般计税方法。
对此问题,有人认为房地产开发企业自行开发的产品用于出租并没有进行明文规定.16 号公告中明确，取得的不动产,包括以直接购买、接受捐赠、接受投资入股、自建以及抵债等各种形式取得的不动产。房地产企业自行开发的产品属于自建取得,所以适用普遍规定。