合并纳税的“前世今生”
财政部、国家税务总局于2008年10月17日发布《关于试点企业集团缴纳企业所得税有关问题的通知》（财税〔2008〕119号），通知指出：为确保《中华人民共和国企业所得税法》的平稳实施，根据新税法第五十二条规定，经国务院批准，对2007年12月31日前经国务院批准或按国务院规定条件批准实行合并缴纳企业所得税的企业集团（附件列明包括五矿集团等106家央企名单），在2008年度继续按原规定执行。从2009年1月1日起，上述企业集团一律停止执行合并缴纳企业所得税政策。
一、2009年之前央企合并纳税的规定
大型国企合并纳税始于1994年实施分税制改革，分税制改革之后国税总局下发《关于大型企业集团征收所得税问题的通知》（国税发[1994]027号），规定经国务院批准成立的企业集团经批准后，可由其100％控股成员企业选择由核心企业统一合并纳税。根据该文件的规定：
按照《中华人民共和国企业所得税暂行条例》及其实施细则的有关规定，为了支持企业集团发展，增强企业集团凝聚力，现对大型企业集团缴纳所得税问题作如下规定:
（一）企业集团分别以核心企业，独立经济核算的其他成员企业为企业所得税的纳税义务人。经国务院批准成立的企业集团（第一批试点企业集团55家），其核心企业对紧密层企业资产控股为100%的，可由控股成员企业选择由核心企业统一合并纳税，并报国家税务总局批准。纳税环节确定后，企业不得自行改变。
（二）企业集团在办理合并纳税申请时，须向国家税务总局提供下述资料或文件，并抄送核心企业所在地税务部门：
1、企业集团原缴库办法，缴库地点；
2、国家有关部门核定的核心企业名单与所在地点；
3、紧密层企业名单与所在地点，紧密层企业与核心企业的资产控股关系。
（三）经批准合并申报纳税的紧密层企业，应向当地税务机关办理汇缴认定手续，年终提供纳税申报表及有关财务报表。当地税务机关按照企业所得税暂行条例及其实施细则的有关规定，在核实其全年应纳税所得额或亏损额并签字盖章后，再由核心企业据以办理汇总纳税事项。未经当地税务机关核准并签字盖章的，一律无效。
（四）合并纳税的紧密层企业年度发生亏损，不得自行用本企业以后年度的利润弥补。核心企业盈亏相抵后，可以按照《中华人民共和国企业所得税暂行条例》第十一条规定执行。
随着2008年新企业所得税法的实施，以及《关于试点企业集团缴纳企业所得税有关问题的通知》（财税〔2008〕119号）的颁布，上述规定已经归于无效。
二、后续针对央企的“特殊”税收政策通常在税法框架内
1、企业所得税
鉴于上述背景，2008年以后国家层面没有出台过专门针对央企或国企的特殊税收优惠的税收规范性文件，针对特定问题（通常现有立法规定不明确或存在不同的实务口径），部门地区专门出台过文件，比如：河北省地方税务局《关于企业所得税若干业务问题的通知》（冀地税发【2009】48号）规定，国有企业无偿划拨资产（固定资产、股权、债权等），划出方按划出资产的净值确认视同销售收入。划入方可按收到资产的净值确认其计税基础。针对该问题，《北京市地方税务局企业所得税处企业所得税处理问题解答》中则规定，国资委监管下的两家企业，在国资委的主导下，将一家将非货币性资产无偿划拨另外一家企业，划拨资产的这家企业将拨付资产的净值列为损失，是否可以？答：不可以。在总局未明确相关政策前，暂按以下原则处理：一是划出方划出国有产权时减资产、减权益；二是划入方接受划入国有产权时增资产、增权益；三是划出方、划入方的共同上级（共同投资方）按“从划出方收回投资再转投到划入方”进行税务处理，如有所得，应按规定缴纳企业所得税。
对于该问题，2014年财政部、国家税务总局发布《关于促进企业重组有关企业所得税处理问题的通知》（财税【2014】109号），明确规定，针对“股权、资产划转”符合条件的所有企业都可以享受“免税”待遇（注：实际上是税收的递延），具体规定如下：
对100%直接控制的居民企业之间，以及受同一或相同多家居民企业100%直接控制的居民企业之间按账面净值划转股权或资产，凡具有合理商业目的、不以减少、免除或者推迟缴纳税款为主要目的，股权或资产划转后连续12个月内不改变被划转股权或资产原来实质性经营活动，且划出方企业和划入方企业均未在会计上确认损益的，可以选择按以下规定进行特殊性税务处理：
① 划出方企业和划入方企业均不确认所得。
②划入方企业取得被划转股权或资产的计税基础，以被划转股权或资产的原账面净值确定。
③划入方企业取得的被划转资产，应按其原账面净值计算折旧扣除。
2、其他税种
针对土地增值税等地方征管税种，国家层面出台过一些特殊税收政策，比如：财政部、国家税务总局《关于中国中信集团公司重组改制过程中土地增值税等政策的通知》（财税〔2013〕3号）规定：
为支持企业重组改制，根据国务院批复精神，现就中国中信集团公司（以下简称中信集团）重组改制过程涉及的土地增值税、契税、印花税政策通知如下：
（一）在中信集团整体改制为中国中信集团有限公司（以下简称中信有限）过程中，对中信集团无偿转移到中信有限的房地产，以及中信集团无偿转移到中国中信股份有限公司（以下简称中信股份）的房地产，不征土地增值税。
在中信集团通过股权投资方式将符合境外上市条件的资产等注入中信股份过程中，对中信集团涉及的土地增值税（房地产开发企业销售房地产除外），予以免征。
（二）中信集团重组改制过程中涉及的契税和印花税，按现行政策规定执行。
但是，很快，主管部门就把“特殊政策”推广适用到所有企业，根据《关于企业改制重组有关土地增值税政策的通知》财税〔2015〕5号，明确企业在改制重组过程中四种情形暂不征收土地增值税。
1、按照《中华人民共和国公司法》的规定，非公司制企业整体改建为有限责任公司或者股份有限公司，有限责任公司（股份有限公司）整体改建为股份有限公司（有限责任公司）。对改建前的企业将国有土地、房屋权属转移、变更到改建后的企业，暂不征土地增值税。所称整体改建是指不改变原企业的投资主体，并承继原企业权利、义务的行为。
2、按照法律规定或者合同约定，两个或两个以上企业合并为一个企业，且原企业投资主体存续的，对原企业将国有土地、房屋权属转移、变更到合并后的企业，暂不征土地增值税。
3、按照法律规定或者合同约定，企业分设为两个或两个以上与原企业投资主体相同的企业，对原企业将国有土地、房屋权属转移、变更到分立后的企业，暂不征土地增值税。
4、单位、个人在改制重组时以国有土地、房屋进行投资，对其将国有土地、房屋权属转移、变更到被投资的企业，暂不征土地增值税。
可以看出，2008年两税合一后，除了新企业所得税法实施第一年对央企实施了特殊的过渡政策外，自此境内企业所有法人企业均统一适用企业所得税法的规定。从税法上看，《企业所得税法》是全国人大层面的法律，效力层级，即使国务院及财政部、国税总局出台“特殊”的税收政策应不能违反“税收法定原则”，特别是18大以后，中央特别强调“落实税收法定原则”，实施依法治税。
三、总分公司模式可以“汇总纳税”
根据国家税务总局《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号），针对居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业：
汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法：
（一）统一计算，是指总机构统一计算包括汇总纳税企业所属各个不具有法人资格分支机构在内的全部应纳税所得额、应纳税额。
（二）分级管理，是指总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理。
（三）就地预缴，是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
（四）汇总清算，是指在年度终了后，总机构统一计算汇总纳税企业的年度应纳税所得额、应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补。
（五）财政调库，是指财政部定期将缴入中央国库的汇总纳税企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方国库。
需要注意的是，以下企业不适用上述办法规定：
国有邮政企业（包括中国邮政集团公司及其控股公司和直属单位）、中国工商银行股份有限公司、中国农业银行股份有限公司、中国银行股份有限公司、国家开发银行股份有限公司、中国农业发展银行、中国进出口银行、中国投资有限责任公司、中国建设银行股份有限公司、中国建银投资有限责任公司、中国信达资产管理股份有限公司、中国石油天然气股份有限公司、中国石油化工股份有限公司、海洋石油天然气企业（包括中国海洋石油总公司、中海石油（中国）有限公司、中海油田服务股份有限公司、海洋石油工程股份有限公司）、中国长江电力股份有限公司等企业缴纳的企业所得税（包括滞纳金、罚款）为中央收入，全额上缴中央国库，其企业所得税征收管理不适用本办法。铁路运输企业所得税征收管理不适用本办法。
因此，在集团公司设立及经营中，华税建议，可以根据实际情况规划公司的集团组织形式和税务架构，达到集团税负最低的效果。